教育部於民國87年起開始推動申請入學方案。申請入學與推薦甄試相比，同樣由大學訂定申請條件與錄取方式，而學生無需先通過校內的廝殺競爭，只須滿足申請條件即可。
隨著推薦甄試與申請入學方案的推動，教育部於民國91年正式廢除大學聯考，但此舉並不完全意味著不再以考試作為判斷成績的方式。為了滿足推甄與申請入學方案中對於學生學習成果的評量，大考中心亦舉辦學科能力測驗與指定科目考試作為衡量學生程度的評量標準。學科能力測驗以國文、英文、數學、自然與社會等五個考試科目為測驗範圍，而指定科目考試，則近似於大學聯考，一共區分為四個類組，分類方式類似於大學聯考，即使大學聯考走入歷史，所遺留的概念－類組仍保留在現行制度中。
除了以上的內容，自民國99年起，教育部推動以繁星計劃取代學校推薦甄選入學。繁星計劃原為國立清華大學為縮減城鄉差距、培養更多不同面向的優秀人才而推動，採各高中以推薦保送方式，每所高中可推薦一名符合設定之在校成績條件、且通過大學學科能力測驗檢定標準的應屆畢業生，以高中在校成績及學測級分分發比序後，直接公告錄取。此種模式有利於實現照顧弱勢、區域平衡，因此在實施後也獲得教育部的採用，並在全國推行，至民國99年正式以繁星計劃取代現行的學校推薦甄選入學，更名為繁星推薦。
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